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Das Südost-Institut ist seit 2007 Kooperationspartner im Wissenschaftszentrum Ost- und Südosteuropa Regensburg und An-Institut der Universität Regensburg. Seine Mitarbeiter wirken in verschiedenen Einrichtungen und Gremien der deutschen und internationalen Südosteuropaforschung mit. Hervorzuheben sind daneben insbesondere die regen Partnerschafts- und Tauschbeziehungen der Institutsbibliothek zu Einrichtungen vor Ort und in Deutschland bzw. zu rund 200 Bibliotheken in Südosteuropa und weltweit.

Außerdem ist das Südost-Institut Mitglied in folgenden Vereinigungen:

Arbeitsgemeinschaft der Bibliotheken und Dokumentationsstellen der Ost-, Ostmittel- und Südosteuropaforschung e.V. (ABDOS)

Arbeitsgemeinschaft der Spezialbibliotheken (ASpB)

Arbeitsgemeinschaft historischer Forschungseinrichtungen in der Bundesrepublik Deutschland e.V. (AHF)

Arbeitskreis für Siebenbürgische Landeskunde e.V. (AKSL)