Die Institutsakten des Südost-Instituts werden in Übereinkunft mit dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv in dessen Beständen in München langfristig archiviert und durch das Hauptstaatsarchiv professionell erschlossen. Der dort verwahrte Bestandsteil (derzeit die Akten der Jahre bis ca. 1970) ist für die Forschung uneingeschränkt zugänglich. Die Akten können in München und nach Absprache zum Teil auch in Regensburg benützt werden. Über den Bestand gibt ein 2008 von Dr. Joachim Lauchs erstelltes Findmittel des Bayerischen Hauptstaatsarchivs detailliert Aufschluss (hier als PDF abgelegt unter „Repertorium“), zu dem ausführliche Register vorliegen (hier auf dieser Webseite ebenfalls in gesonderten PDF zugänglich).
Der Bestand ist nicht nur für die mit der Gründung im Jahr 1930 begonnene Institutsgeschichte und die Aktivitäten des Südost-Instituts aussagekräftig, sondern auch für die Geschichte der deutschen und internationalen Südosteuropaforschung sowie für die deutsche Institutionen- und Personengeschichte in diesem Bereich. So ist etwa die frühe Phase der 1952 gegründeten Südosteuropa-Gesellschaft, die bis zum Tod von Fritz Valjavec (1960) dem Institut unmittelbar verbunden war, in 10 eigenen Faszikeln dokumentiert. Für die Wissenschaftsgeschichte und für die Frage der Verwicklungen des Instituts in die europäische Herrschaftsstrategie des nationalsozialistischen Deutschen Reiches ist die umfangreiche Korrespondenz von Fritz Valjavec aus den Jahren 1934 bis 1960 (Fasz. 31-74) von besonderem Wert. Sie ist in Kopie auch in Regensburg benützbar.
Für die Geschichte Südosteuropas selbst sind in den Akten abgesehen von den Dokumentationen der am Südost-Institut vorgenommenen Forschungen insbesondere die im Hauptstaatsarchiv befindlichen Nachlässe von Interesse. Dies sind mit siebenbürgisch-sächsischen Bezügen für die Jahrzehnte um 1900 die beiden kleineren Nachlässe von Alfred Csallner und Lutz Korodi, und mit Material vor allem zur Zwischenkriegszeit in Albanien beziehungsweise in Ungarn die Nachlässe von Franz von Scheiger und Lajos Liptay. Der bedeutendste und zugleich mit Abstand umfangreichste Nachlass ist hingegen derjenige des Archäologen und Historikers Carl Patsch (1865-1945), einem der bedeutendsten österreichischen Balkanforscher seiner Zeit (Fasz. 260-364/68).
