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Geschichte des Südost-Instituts
Das Südost-Institut wurde 1930 in München von der Stiftung zur Erforschung des deutschen Volkstums im Süden und Südosten gegründet. Unter seinem ersten Direktor Karl Alexander von Müller widmete es sich zunächst der bairischen Siedlungsgeschichte und dem "Deutschtum" in den böhmischen Ländern, in Österreich und in Südtirol. Ein Ausdruck dessen sind die ersten Bände der Schriftenreihe Südosteuropäische Arbeiten, die zusammen mit dem Institut für Ostbairische Heimatforschung in Passau herausgegeben wurden. Mit dem Eintritt von Fritz Valjavec ins Institut wurde ab 1935 ganz Südosteuropa in den Blick genommen. Valjavec erhielt vom Stiftungsrat den Auftrag, eine historische Zeitschrift zu gründen. Im darauf folgenden Jahr erschienen die Südostdeutschen Forschungen, die seit 1940 den heutigen Namen Südost-Forschungen tragen. Inhaltlich wurde sowohl die Geschichte der Deutschen in Südosteuropa als auch die Landesgeschichte der Einzelstaaten behandelt. Von Anfang an knüpfte Valjavec zu diesem Zwecke Kontakte zu Wissenschaftlern aus Südosteuropa. Der Anteil "deutscher" Gegenstände aus der Region trat demgegenüber bereits zu Kriegszeiten in den Hintergrund. Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde das Institut dem Deutschen Auslandswissenschaftlichen Institut angegliedert; zudem übernahm Valjavec eine Professur an der Auslandswissenschaftlichen Fakultät der Universität Berlin. Im Zuge der Anbindung an diese Berliner Institutionen wurde das Südost-Institut 1943 der Abteilung VI G des Reichssicherheitshauptamts unterstellt. Valjavec selbst reiste in der zweiten Jahreshälfte 1941 für das Einsatzkommando 10b der Einsatzgruppe D der Sicherheitspolizei und des SD in die Bukowina. Das Institut wurde 1944 zwar auf das Land nach Arbing in Niederbayern verlagert, die Buchbestände verblieben aber in München und verbrannten bei einem Bombenangriff.
Wiederaufbau nach dem Krieg (1945-1960)
 Die nicht vollständig zu klärende Rolle von Valjavec im Dritten Reich veranlasste diesen, nach 1945 zunächst keine wissenschaftliche Anstellung anzustreben. (Person und Wirken von Valjavec stehen im Mittelpunkt von Band 119 der Südosteuropäischen Arbeiten, herausgegeben durch Mathias Beer und den damaligen Leiter der Institutsbilbiothek, Gerhard Seewann: Südostforschung im Schatten des Dritten Reiches. Institutionen, Inhalte, Personen. München 2004). Darin liegt auch ein wesentlicher Grund, warum es bis 1951 dauerte, das Südost-Institut wieder zu beleben. Da Valjavec aber stets seine Kontakte zu wichtigen Personen aus Politik und Wissenschaft gepflegt hatte, blühte es danach unter seiner Leitung (seit 1955 als Direktor) rasch auf. Neben der historischen Abteilung wurde nun auch Gegenwartskunde betrieben. Ab 1952 erschien der Wissenschaftliche Dienst Südosteuropa (seit 1982 unter dem Titel Südosteuropa) und im Jahre 1957 der erste Band der Schriftenreihe Untersuchungen zur Gegenwartskunde Südosteuropas. Darüber hinaus war mit der Herausgabe der Südosteuropa-Bibliographie ab 1956 eine Lücke in der sich während des Kalten Kriegs immer schwerer gestaltenden Literaturrecherche zu füllen. Im gleichen Jahr bezog das Institut seine Räume in der Münchner Güllstraße 7 und der formale Träger, jetzt unter dem Namen Stiftung für wissenschaftliche Südosteuropaforschung, erhielt eine neue Satzung. Inzwischen waren neben das Bayerische Kultusministerium Bundesministerien als Zuwendungsgeber getreten. Daran änderte sich auch nichts durch den plötzlichen Tod von Fritz Valjavec 1960.
Prosperierende Jahrzehnte (1960-2000)
 Der vorübergehende Schock über den Tod einer Person, die das Institut in den vorangegangenen 25 Jahren maßgeblich geprägt hatte, konnte durch die schnelle Berufung von Mathias Bernath zum neuen Institutsleiter überwunden werden. Vorherige Zeitverträge wurden in Planstellen umgewandelt. In der Gegenwartsabteilung erfolgte die Einrichtung von Länderreferaten, die gezielt die steigende Nachfrage an Expertisen zum kommunistischen Südosteuropa bedienen konnten. Mit dem Biographischen Lexikon zur Geschichte Südosteuropas und der Historischen Bücherkunde Südosteuropa legte die Historische Abteilung zwei umfangreiche Nachschlagewerke vor. An deren Erarbeitung waren Autoren aus Südosteuropa und der westlichen Welt beteiligt, worin sich die vom Institut stets gepflegten internationalen Kontakte niederschlugen. Gegen Ende der 1970er Jahre vollzog sich ein Generationswechsel, und von den neuen Mitarbeitern stammten anders als zuvor nur mehr wenige aus dem Untersuchungsraum. 1990 folgte der Münchner Historiker Edgar Hösch als Leiter auf M. Bernath (bis 2007).
Südosteuropa rückte in den 1990er Jahren in das Interesse der Öffentlichkeit, als sich Jugoslawien in Kriegen gewaltsam auflöste. Die Gegenwartsabteilung wurde gefragter Ansprechpartner der Medien und der Politik. Auch wuchs der Bundesrepublik Deutschland nach der Wiedervereinigung zusätzliche außenpolitische Bedeutung zu, und die Bundesregierung erkannte den Wert der aktuellen politischen Analysen, die im Südost-Institut angefertigt wurden.
Krise und Neuanfang (2000 bis heute)
So beschloss die Bundesregierung, in Berlin unter dem Dach der Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP) eine neue außenpolitische Denkfabrik zu gründen, dem auch das Bundesinstitut für ostwissenschaftliche und internationale Studien (BIOst) und eben die Mitarbeiter der Gegenwartsabteilung des SOI angehören sollten. Zum Jahreswechsel 2000/01 hieß es so für zahlreiche Wissenschaftler kurzfristig nach Berlin zu ziehen. Dadurch war das Südost-Institut auf nunmehr drei wissenschaftliche Mitarbeiter und überwiegend auf den Bereich Geschichte reduziert. Im Bibliotheksbereich und beim technischen Personal schlug sich zusätzlich der rigide Haushaltskurs der bayerischen Staatsregierung durch Kürzungen nieder. Unterdessen beschloss das bayerische Kabinett am 12. März 2002, das Institut für Ostrecht, das Osteuropa-Institut und das Südost-Institut aus München nach Regensburg zu verlagern. Für das Südost-Institut bedeutete dieser Schritt am Ende eine Chance zum Neuanfang, zumal das wissenschaftliche Personal im Gefolge des 2007 vollzogenen Umzugs mit Anfang 2008 und erneut 2010 aufgestockt wurde und so die Tätigkeiten im Bereich der historischen und teilweise auch wieder der gegenwartsbezogenen Forschung weiter ausgedehnt werden konnten. Im Gegenwartsbereich konnte zunächst die wissenschaftliche Redaktion von "Südosteuropa" ab 2008 wieder aus eigener Kraft gesichert werden. Die "Untersuchungen zur Gegenwartskunde Südosteuropas" waren bereits 2006 thematisch innerhalb der "Südosteuropäischen Arbeiten" fortgeführt worden, deren redaktionelle Betreuung intensiviert werden konnte. 2010 kam eine wissenschaftliche Stelle für die Betreuung des neuen mittelfristigen Projekts "Handbuch zur Geschichte Südosteuropas" hinzu. Der Bereich Bibliothek wurde ebenfalls seit etwa 2006 gezielt gestärkt. Auch als Veranstalter von Vorträgen, Reihen und Tagungen tritt das Südost-Institut seit 2007 weitaus stärker in Erscheinung als jemals zuvor in seiner Geschichte.
Die Zusammenarbeit der drei (bzw. seit dem Einzug auch des Ungarischen Instituts 2009 vier) Institute im Wissenschaftszentrum Ost- und Südosteuropa Regensburg setzt vor allem im Bibliotheksbereich und bei den oftmals gemeinsam organisierten Veranstaltungen freisetzte. Seit Oktober 2008 ist Ulf Brunnbauer, zugleich Professor für Südost- und Osteuropäische Geschichte an der Universität Regensburg, Direktor des Instituts. Zuvor war Professor Björn Hansen vom Institut für Slavistik der Universität Regensburg für ein Jahr kommissarischer Direktor des Südost-Instituts gewesen.
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